A diferencia del hipopótamo común, el hipopótamo pigmeo o enano tiene hábitos principalmente terrestres, sobre todo por la noche. Este se sumerge en el agua para huir de sus depredadores. Por este motivo, presenta los ojos situados más laterales en la cabeza. Tienen forma de barril y, aunque son más pequeños que el hipopótamo común, pueden llegar a pesar 270 kg. La mandíbula inferior está sujeta a la parte trasera del cráneo, lo que le permite abrir la boca hasta 150º.

Los hipopótamos pigmeos no son animales sociales, sino bastante solitarios. Prefieren vivir en zonas de ríos y lagos con pasto cerca. Buscan comida durante la noche y por el día suelen esconderse en los pantanos o en madrigueras de otros animales. Suelen darse baños de barro que les sirven para protegerse de las picaduras de los mosquitos entre los pliegues de su piel. Además, entablan relaciones mutualistas con pájaros que eliminan los parásitos de su cuerpo.

Los principales depredadores del hipopótamo enano son el leopardo y el hombre. Este último los caza para obtener y vender su carne y sus caninos de marfil. Este es el principal motivo por el que esta especie está considerada amenazada.