In tegenstelling tot het gewone nijlpaard heeft het pygmee- of dwergnijlpaard voornamelijk landgewoonten, vooral 's nachts. Hij duikt het water in om aan zijn roofdieren te ontsnappen. Om deze reden heeft hij ogen die meer zijdelings op het hoofd zijn geplaatst. Ze zijn tonvormig en hoewel ze kleiner zijn dan het gewone nijlpaard, kunnen ze tot 270 kg wegen. De onderkaak is aan de achterkant van de schedel bevestigd, waardoor deze zijn mond tot 150 graden kan openen.

Pygmee-nijlpaarden zijn geen sociale dieren, maar eerder solitair. Ze leven het liefst in gebieden met rivieren en meren met gras in de buurt. Ze zoeken 's nachts naar voedsel en overdag verstoppen ze zich meestal in moerassen of holen van andere dieren. Meestal nemen ze modderbaden om zichzelf te beschermen tegen muggenbeten tussen de huidplooien. Bovendien brengen ze mutualistische relaties tot stand met vogels die parasieten uit hun lichaam elimineren.

De belangrijkste roofdieren van het dwergnijlpaard zijn het luipaard en de mens. Deze laatste jaagt op hen om hun vlees en ivoren hoektanden te verkrijgen en te verkopen. Dit is de belangrijkste reden waarom deze soort als bedreigd wordt beschouwd.